Sint Bonifatiuskerk
Deze Rooms-Katholieke kerk is gebouwd aan de Bargemerk en werd in 1871 gebouwd door architect P.J.H. Cuypers. De kerk is helemaal gerestaureerd. Hier worden relikwieën van Bonifatius bewaard. In het zomerseizoen is de kerk iedere middag geopend.

Grote of St. Martinuskerk
Deze Nederlands Hervormde kerk staat op de Markt en is gebouwd op de fundamenten van het oorspronkelijke gedachteniskerkje uit de 8e eeuw. De huidige kerk werd in de 15e eeuw gebouwd en een eeuw later uitgebreid.
De vloer in de kerk wordt gesierd met talloze eeuwenoude gehouwen grafstenen. In de kerk is een expositie ingericht met wetenswaardigheden over de kerk en zijn geschiedenis. In het zomerseizoen is het mogelijk de kerk te bezichtigen.

Vroeger gingen iedere avond om tien uur de stadspoorten dicht en werden de Dokkumers gewaarschuwd door de klokken. Grappig om te weten, is dat de klok van de Grote Kerk op de Markt ook wel ‘poortklok’ of het ‘meidenklokje’ genoemd wordt. Deze klok luidt namelijk nog iedere avond vlak voor tienen om de meisjes en hun vrijers te waarschuwen dat om tien uur de stadspoort dicht gaat…

Hervormde Martinuskerk
De eerste kerk die op deze plaats gebouwd werd was een kerk uit de 10e eeuw. Vervolgens zijn er resten gevonden van een kerk uit de elfde eeuw, en een derde werd in de 13de eeuw gebouwd. De kerk die we nu zijn is gebouwd omstreeks 1590. In het jaar 1580 veroverde de Graaf van Hohenlohe de stad Dokkum voor de Prins van oranje. Dit betekende voor Dokkum dat de bezetting van de Spanjaarden voorbij was. Ook betekende dit dat de Hervormde Eredienst kon worden ingevoerd. Er waren in die tijd 2 kerken. De Abdijkerk was eigendom van het klooster, dat op de Markt stond. Deze kwam in handen van de provincie. Ook was er de kleine kerk. Beide kerken waren in slechte staat, en waren bouwvallig. Dokkum vroeg aan de provincie geld voor kosten van de restauratie. Men kwam na veel onderhandelingen tot de conclusie dat de Abdijkerk gesloopt moest worden, en dat de kleine kerk grondig gerestaureerd moest worden. De stenen die bij die restauratie gebruikt werden kwamen grotendeels uit de Abdijkerk. De naam kleine kerk werd veranderd in De Grote of St. Martinuskerk. De verbouwing vond plaats tussen 1588 en 1593. Enkele graven in de kerk zijn waarschijnlijk geplaatst tijdens de verbouwing. Dat weten we omdat er rekeningen bekend zijn van de graven die uit het jaar 1591 komen. Veel grafstenen liggen nog steeds in de kerk. Zo kun je bijvoorbeeld graven zien van de Luitien Cornelis die overleed in het jaar 1636. Ook zijn er graven van Engelse en Schotse militairen die in Nederland zijn gekomen samen met de Graaf van Leicester. Na de moord op Willem van Oranje vroeg de republiek hulp aan Engeland. Deze zond in 1584 Robert Dudley, de 1ste graaf van Leicester samen met 5000 soldaten. Zijn komst was geen succes. Hij werd beschuldigd van fraude en hij werd in 1587 gedwongen Nederland te verlaten.

In 1590 werd de preekstoel gemaakt, door Jan Claeszoon Kistemaker. Na 10 jaar was deze al heel erg vervallen. In 1750 besloot men uiteindelijk dat er een nieuwe preekstoel moest komen. Deze preekstoel werd door de architect Sjouke Nooteboom bedacht. Op 30 mei 1751 (1ste Pinksterdag) werd deze voor het eerst in gebruik genomen. Er werd een orgel in 1688 gebouwd door orgelbouwer Helman uit Groningen. De orgelkas is nog steeds het origineel van toen. In 1979 werd het oude muziek instrument vervangen door een nieuwe. Deze is gemaakt door orgelbouwer Flentrop uit Zaandam. Hierin is zoveel mogelijk de stijl van Helman aangehouden. Tijdens de Franse bezetting kwam de scheiding van kerk en staat. Dit had in 1799 gevolgen voor ede klerk. De pastorie en het kerkgebouw, waren staatseigendom. Dit werd nu eigendom van de kerk. Het was voor de kerkgemeenschap zwaar om voor deze gebouwen te zorgen. Dit deden ze goed, ze deden meer aan onderhoud dan de overheid. In 1856-1957 was er een grote restauratie. Tussen 1964 en 1968 vond de laatste grote verbouwing plaats. Het huidige uiterlijk danken we aan deze verbouwing. Tijdens deze verbouwing vond ook archeologisch onderzoek plaats in de kerk. Tijdens dit onderzoek prachtige mozaïekvloeren gevonden. Ook werden in die tijd de fundamenten van de oude Abdijkerk en de Abdijtoren gevonden. Tegenwoordig beheren de leden van de PKN kerk in deze kerk. Tot 2004 was dit nog de Nederlandse Hervormde kerk. In 2004 was er namelijk een fusie van de hervormde en gereformeerde kerken. Hieruit ontstond de PKN. Dit staat voor Protestante kerken Nederland. De kerk is woensdag en zaterdags open voor publiek. Elke zondag worden er kerkdiensten gehouden. De akoestiek is erg goed in de kerk. Dat is ook de reden dat er veel concerten in de kerk zijn.