Van 1597 tot 1645 was één van de vijf Admiraliteitscolleges van de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden in Dokkum gevestigd. De Admiraliteiten zorgden voor de bescherming van de handelsvaart en voerden zo nodig oorlog (tegen de Spanjaarden). Ook hadden ze de belangrijke taak om de belastingen te innen op in- en uitvoerrechten en de bestrijding van smokkel en zeeroverij.

Omdat de zeer zelfstandige provincies beducht waren op het uit handen geven van invloed en macht duurde het geruime tijd voor er een overkoepelende organisatie ontstond die de vijf Admiraliteiten, Zeeuwse, Friese, West-Friese (Noord-Hollandse), Amsterdamse en Rotterdamse, omvatte. De Friese Admiraliteit deed dienst van 1597 tot 1795, eerst in Dokkum, vanaf 1645 tot de opheffing in Harlingen. De verplaatsing naar Harlingen was het gevolg van het langzaam dichtslibben van de kilometerslange verbinding, Dokkumer Diep en Louwers, tussen de stad en de zee. Grote handels- en oorlogsschepen zoals galjoen, pinas en boeier konden hierdoor de stad steeds moeilijker bereiken. De functie van Dokkum als zeehavenstad werd definitief beëindigd met de bouw van de sluis bij Dokkumer Nieuwe Zijlen.

Het hoofdgebouw van de Admiraliteit is helaas al in de 18e eeuw afgebroken, op de plek staat nu een woonhuis. Dit woonhuis doet tegenwoordig dienst als entreegebouw van het Museum Dokkum. Het Admiraliteitshuis werd in 1618 gebouwd als uitbreiding op dit verdwenen hoofdgebouw. Nadat de Admiraliteit naar Harlingen verhuisde, werd dit Admiraliteitshuis achtereenvolgens een woonhuis, bank van lening, Latijnse school, tehuis voor ouderen en sinds 1963 onderdeel van Museum Dokkum.